В 1666-1667 гг. при Никоне произошёл раскол в Русской православной церкви. Никон в первые годы своего патриаршества, когда его ещё поддерживал царь, начал исправление богослужебных книг. Задача перед церковью стояла правильная - унифицировать религиозную жизнь по всей стране. Это предполагало одинаковый текст молитв, одни и те же формы магических обрядов, один и тот же чин богослужения.
Стоглавый собор ранее постановил совершать двупёрстное крестное знамение, а не троеперстное. Устанавливалось направление крестного хода посолонь (по ходу Солнца), а не против Солнца. Кроме того, предписывалось совершать двоекратную аллилуйю, а не трёхкратную. Никон же отменил эти решения и предписывал "два" заменить на "три". Но церковники отказывались исполнять указания Никона. Их стали называть старообрядцами. Никон их преследовал за непокорность. Сами изменения не стоили тех преследований, которым подвергались старообрядцы. Сам Никон говорил о старых и новоисправленных богослужебных книгах: "И те, и другие добры; всё равно, по коим хочешь, по тем и служишь". Он говорил это в частной беседе с Иваном Нероновым. А на деле огнём и мечом преследовал старообрядцев. Тех из них, что раскаивались, вновь воссоединяли с церковью и разрешали совершать обряды по-старому. Главное было в том, чтобы показать власть, продемонстрировать, что ослушиваться духовных авторитетов нельзя.
Масштабы преследований были огромны. Против нововведений выступили не только многие представители городского духовенства, но и князья. Наиболее известен из них Аввакум. Старообрядцев ссылали по отдельным монастырям, урезывали языки и избивали кнутами. Кровь и страдания лились по всей необъятной Руси. Аввакум, вместе с другими защитниками старой веры, был расстрижен и отправлен в Пустозёрский острог. Здесь, в сырой яме, в холоде и голоде, он должен был находиться до смерти. У многих из сосланных вырвали языки. В 1682 году Аввакум был сожжён живьём в Пустозёрске. Опорой старообрядцев стал Соловецкий монастырь, где отказались руководствоваться новыми богослужебными книгами. Для подавления бунта были посланы войска, которые держали монастырь в осаде в продолжении восьми лет.
В 1675 году начались акты самосожжения старообрядцев. Добровольно в огне погибло не менее двадцати тысяч человек. Эти самосожжения продолжались в течение восемнадцатого столетия. Прекратились они только при Екатерине II.
Правительство с начала XVIII века включило официальную церковь в систему государства. С этого времени началось систематическое законодательное ограничение старообрядцев, которых и раньше, с конца XVII века, довольно жестоко преследовали. Одной из форм этой борьбы была попытка уничтожить существующие и запретить производить новые иконы, в которых сохранились бы изображения двуперстного крещения, отвергнутые официальной церковью надписи, архаичная иконография в целом. Борьба эта маскировалась призывом изъять из обихода "неправильные" и "неискусные" иконы. В 1723 г. (при Петре) был издан указ вовсе запретить использование и производство металлических икон. На практике этот указ не был исполнен.
Пётр I восстановил Монастырский приказ по управлению всеми церковными и монастырскими имуществами. Это управление переходило к государству. Затем он упразднил патриаршество и ввёл новый порядок управления церковью, подобную протестанской. Церковь стала управляться Духовным коллегиумом. Так патриаршество было упразднено и государство стало управлять церковью. В последующем Петром I во главе церкви был поставлен "святейший правительственный синод". Он состоял из нескольких высших церковных иерархов.
Русская православная церковь управлялась практически царём. Она была государственной на территории Российской империи. Выход из православной веры считался уголовным преступлением. Церковь обладала сетью приходских школ и епархиальных училищ. Православное богословие преподавалось в высших учебных заведениях.
9 ноября 2000 года исполнилось двести лет официального учреждения Государем Императором Павлом I и Святейшим Синодом в лоне Русской Православной Церкви единоверческих (старообрядных) приходов. Они возникли по инициативе старообрядцев, желающих выйти из раскола при сохранении за ними права на древлеправославные богослужебные традиции. Единоверческие приходы являются неразрывной частью Православной Церкви и канонически подчиняются ее архиереям. Они сохраняют древние богослужебные уставы, двуперстие, средневековое унисонное знаменное пение.
